Faça o download da ferramenta neste link direto, aqui.
Após executar-lo, vai descompactar uma pasta no disco C:, a mesmo que você tenha alterado na instalação. O padrão é: C:\DriveKey e execute como administrador (se não ele não funcionará corretamente) o arquivo chamado HPUSBFW.
Será aberto a tela abaixo:

Selecione a unidade do seu pendrive (no exemplo, está na unidade E:\), e clique na opção Quick Format.

Este é um aviso que todos os dados serão perdidos, clique em Sim para prosseguir.

Pronto, o pendrive foi formatado com sucesso e o espaço recuperado com sucesso.